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法人決算を自分でやってみた|e-Tax・eLTAXで法人税・地方税を納付した手順

法人税の申告をe-Taxで行い、法人県民税・法人市町村民税などの地方税もeLTAXで申告しました。

ここまで終わると、

「これで法人決算は終わった!」

という気分になります。

しかし、まだ一つ大事な作業が残っています。

税金の納付です。

今回、自分で法人決算をやってみて改めて分かったのですが、

「申告」と「納税」は別の手続き

です。

申告書を送信しただけでは、税金を支払ったことにはなりません。

今回は、e-Tax・eLTAXで申告を終えたあと、実際に法人税や地方税をオンラインで納付した流れを記録しておきます。

※この記事は2026年に私自身が法人決算・納税を行った際の記録です。画面やメニュー、利用できる納付方法などは変更される可能性があります。実際の納税時はe-Tax・eLTAXなどの最新情報をご確認ください。

姫野秀徳

組み込みエンジニアとしてメーカー勤務10年。
第二種電工事士、基本情報技術者、Code.org認定教師。
microbitを用いた電子工作&プログラミング教室を開校。
組み込み開発の実際を発信するyoutube活動も行う。

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申告が終わっても税金は自動で払われない

最初に勘違いしやすいのがここだと思います。

e-TaxやeLTAXで申告書を送信すると、

「申告が完了しました」

という状態になります。

しかし、申告が受理されたからといって、税金が自動で銀行口座から引き落とされるわけではありません。

別途、

納付手続き

が必要です。

今回の流れを整理すると、

決算書を作る
↓
法人税申告書を作る
↓
e-Taxで国税を申告
↓
eLTAXで地方税を申告
↓
それぞれ納付する

という形でした。

申告と納税を別々の作業として認識しておいた方が分かりやすいです。

まずe-Tax側の納付をしようとした

e-Taxで法人税の申告を終えたあと、そのまま納税しようとしました。

今回はオンラインで完結させたかったため、インターネットバンキングを利用した電子納税を使うことにしました。

ところが、いざ進めようとすると、

システムメンテナンス中で利用できない

という状態でした。

最初は、

「申告まで終わったのに、ここで止まるのか……」

と思いました。

ただ、申告と納税は別なので、納付がその場でできなくても申告そのものが無効になるわけではありません。

そこで、いったんe-Tax側の納付は後回しにし、先にeLTAX側の納付を進めることにしました。

eLTAXで地方税の納付へ

次に、eLTAXで申告した法人県民税や法人市町村民税などを納付します。

申告自体はすでに完了しており、受付済みになっていることも確認済みです。

そのため、

あとは支払うだけ

と思っていたのですが、ここでも少し迷いました。

「発行依頼」に出てこない

eLTAXの納税画面を開いて、納付に必要な情報を発行しようとしました。

ところが、

「発行依頼」の一覧に対象が出てこない。

ここでかなり迷いました。

「申告は受付済みなのに、なぜ納付できないんだろう?」

という状態です。

電子申告を初めてやると、申告と納付の画面が分かれているだけでも戸惑います。

さらに、どのメニューから納付情報を作るのかが分かりにくいと、

「そもそも申告が正しくできていなかったのでは?」

と不安になります。

受付済みかどうかをもう一度確認

そこでまず、eLTAX側の申告状況を確認しました。

申告自体は正常に受け付けられていました。

つまり、

申告失敗が原因ではない

ということが分かりました。

電子申告では、こういうときに受付結果を確認できるのが助かります。

紙の申告であれば、

「税務署や自治体に届いているはず」

と考えるしかありませんが、電子申告では処理状況を確認できます。

納付情報を確認して支払いへ

eLTAXでは、申告後に納付情報を確認し、対応する税金を選択して支払い手続きを進めます。

今回もメニューを確認しながら進め、最終的に対象となる税金の納付手続きを行うことができました。

最初は、

「発行依頼に出てこない」

ところで止まりましたが、申告状況や納付メニューを確認しながら進めることで無事に支払いまで完了しました。

インターネットバンキングで納付

今回はオンラインで完結させたかったため、インターネットバンキングを利用しました。

紙の納付書を持って銀行や窓口へ行く必要がなく、パソコン上でそのまま納付できます。

法人決算の作業をすべて自分でやっていると、

  • 申告書を作る
  • 電子署名する
  • 電子申告する
  • 税金を払う

まで全部パソコンで終わるのはかなり便利です。

以前は、

「法人税を払うなら銀行の窓口に行くのかな」

くらいに思っていました。

実際には電子納税を使えば、オンラインで完結できました。

支払いが終わったら納付済みを確認

納付操作が終わったら、ここでも確認が大切です。

本当に支払いが完了しているか

を確認します。

今回も、支払いまで完了したことを確認して、ようやく、

「法人県民税・法人市町村民税の申告と納税が終わった」

と判断しました。

電子申告・電子納税では、

操作したこと

ではなく、

受付・納付が完了したこと

まで確認するのが重要だと思います。

法人の税金は種類が多い

今回、自分で法人決算をやってみて強く感じたのが、

法人の税金は思った以上に種類が多い

ということです。

例えば、

  • 法人税
  • 地方法人税
  • 法人県民税
  • 法人市町村民税
  • 法人事業税
  • 特別法人事業税

などがあります。

最初は全部ひっくるめて、

「法人税」

というイメージでした。

しかし実際には、税金ごとに提出先や申告方法が違います。

さらに、

申告が終わった税金を、それぞれきちんと納付する

必要があります。

自分でやる場合は、一覧にしてチェックしていくのがよいと思います。

私は申告と納付を分けて確認した

今回の経験から、次回は次のように管理しようと思います。

例えば、

税金申告受付確認納付
法人税済済済
地方法人税済済済
法人県民税済済済
法人市町村民税済済済
法人事業税済済済
特別法人事業税済済済

というように、

申告したか

だけではなく、

納付したか

まで別々にチェックします。

法人の決算を初めて自分でやると、

「何が終わっていて、何がまだなのか」

が分からなくなりやすいからです。

納付期限にも注意

当然ですが、税金には納付期限があります。

申告書を期限内に提出できても、納付が遅れてしまえば問題になります。

特にオンラインで作業していると、

「申告は済ませたから大丈夫」

と思って納税を忘れてしまう可能性があります。

そのため、

申告期限と納付期限をセットで確認する

ようにしました。

また、今回のようにシステムメンテナンスなどで一時的に利用できないこともあるため、期限ギリギリに作業しない方が安心です。

e-TaxとeLTAXで納付方法も少し違う

実際に両方を使ってみると、

e-TaxとeLTAXは申告システムが別なだけでなく、納付画面の流れも少し違います。

そのため、

e-Taxでできた操作が、eLTAXでも同じ場所にあるとは限らない

という点にも注意が必要でした。

名前が似ているため、最初は同じようなシステムだと思っていましたが、実際に操作するとかなり別物です。

一度経験してしまえば、次回からはかなり楽になると思います。

納税まで終わって初めて決算が終わった実感

決算書を作り始めたときから考えると、

  • 帳簿を確認する
  • 棚卸する
  • 決算整理仕訳をする
  • 法人税申告書を作る
  • e-Taxで申告する
  • eLTAXで申告する
  • 税金を納付する

と、かなり多くの作業がありました。

最後に実際の税金を納付して、ようやく、

「今期の法人決算が終わった」

という実感が出てきました。

法人決算は単に決算書を作るだけではなく、

申告して、税金を払うところまで

が一連の流れなのだとよく分かりました。

まとめ

今回、e-Tax・eLTAXで電子申告を行ったあと、インターネットバンキングなどを利用して税金を納付しました。

実際にやってみて特に重要だと感じたのは、

申告と納付は別

ということです。

申告書を送信して受付済みになっていても、それだけでは税金は支払われていません。

そのため、

申告
↓
受付確認
↓
納付
↓
納付完了確認

までをセットで考えるのがよさそうです。

途中、システムメンテナンスで納付できなかったり、eLTAXの「発行依頼」に対象が表示されず迷ったりもしました。

それでも最終的には、法人の税金をオンラインで納付するところまで自分で進めることができました。

ここまで終われば、法人決算の大きな作業は一段落です。

次回は、決算が終わったあと、翌期の役員報酬をどう決めたかについて書いていきます。

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